在实施“进口暂扣申请制度”时，海关可令申请人向海关提交担保金。担保金制度不适用于对专利权、实用新型权、设计权及集成电路布线权等权利的保护。海关决定扣留货物时，考虑到进口商可能由此而受到损失，可令申请人提交一定数额的担保金。当权利人的意见与进口商的意见相左时，海关可令申请人提交不超过10天的担保金。担保金金额一案一例，包括裁决期间仓储费、利润损失及其他损失。申请人必须在规定的期限内将担保金（或国债券、市政券，或其他有价证券）交到指定的场所。如果申请人与金融机构签有委托合同的，则可免交担保金，因为一旦进口商的货物委托合同的，则可免交担保金，因为一旦进口商的货物受到损失，进口商可直接向金融机构索取赔偿。在通常情况下，进口商优先于申请人索取赔偿。然而，一旦货物被确定为侵权货物，进口商要求赔偿的权利即被废止。申请人则可要求退还全部担保金。如果申请人不能按规定提交担保金，海关停止对有关侵权嫌疑货物的认定，并允许有关货物进口。